Ставятся ли счетчики на одну страницу или на все или только на несколько?
JS-код должен быть на всех страницах, по которым планируется собирать статистику. Обычно это кусок шаблона вроде footer.php, overall_footer.php, footer.thtml и т. д.
PHP-код также должен загружаться на всех охватываемых страницах.
Простой совет: зарегистрироваться на http://www.liveinternet.ru/ и разобраться, что да как. Потом сформулируются требования, и можно будет искать что-то "под себя".